Egyházunkban több olyan gyülekezet is van, amelyik évszázados ökumenikus kapcsolatainknak hála jött létre. Van közöttük kétnyelvű, nemzetközi és idegen nyelvű református közösség is.

A Skót Egyház misszionáriusai 1841-ben érkeztek Pest-Budára, hogy segítsék a magyarországi ébredési mozgalmat, pásztorolják a reformkorban rohamosan fejlődő városban dolgozó angolszász közösséget, valamint hogy a zsidó vallásúaknak hirdessék Jézus evangéliumát. A közösség leányiskolájában szolgáló Jane Haining misszionárius a második világháborúban életét adta a zsidó lakosság megmentéséért. A gyülekezet azóta is elkötelezetten segíti a menekülteket. Manapság a Skót Misszió nemzetközi közösség, angol nyelvű alkalmait tizenöt különböző nemzetiség látogatja. 2016 óta egyszerre tartozik a Magyarországi Református Egyházhoz, valamint a Skót Egyház nemzetközi egyházmegyéjéhez.

Szintén a 19. században Németországból, Svájcból, Hollandiából Magyarországra érkező protestáns családok hozták létre a németajkú gyülekezetet Pesten. A közösség tagjai alapították meg a Bethesda-kórházat, valamint a Bethánia árvaházat. Innen indult a vasárnapi iskolai mozgalom, valamint itt alakult meg a Kék Kereszt Egyesület is. Templomukból a kommunizmus idején varrodát és jelmezraktárat alakítottak ki a Magyar Televízió számára, a gyülekezet 2002-től tartja újra magyar és német nyelvű alkalmait az épületben.

2007-ben alakult meg partneregyházunk, a Koreai Presbiteriánus Egyház (PCK) budapesti gyülekezete, 2012-től a Magyarországi Református Egyháznak is része. Az első időkben a kelenföldi reformátusok fogadták be a Magyarországon élő, maguknak istentiszteleti helyet kereső koreai testvéreiket, 2011-től pedig a Magyarországi Egyházak Ökumenikus Tanácsának székházában tartják alkalmaikat.